- 1.手術的順序：石虎事件
- 2.消失的針：黑傑克的那句話：不要因為自己的手術天分便小看人的身體。接受手術的病人後來成為劇集的常駐角色
- 3.螞蟻之足：黑傑克過去的部分身世。
- 4.狗扒手：狗成了黑傑克家的成員
- 5.醫生遊戲：表現兄妹情，以及黑傑克象徵的希望。◎
- 6.六等星的男人：白色巨塔的黑暗
- 7.師生之間：表現師生情
- 8.小白獅：病態的稀有為小白獅招來厄運
- 9.奇蹟的手臂：表現了人性之善，一邊是受害者的「原諒」，一邊是犯錯者的「贖罪」，最後原該是仇人的兩個人，
- 10.求人之水：表現親情
- 11.火鳥傳說：進到一個較為神秘的傳說，孰知貪心的最後終究是一場空
- 12.殺人鯨的禮物：亦是動物報恩的故事，簡單而感人。
- 13.把哥哥還給我：較低年齡層的視角，可見小孩子的單純。
- 14.海盜手：困窘沒落時才能領悟誰是真情。
- 15.動吧索羅門：堅持夢想的故事。
- 16.虛偽的婚禮：黑傑克要結婚了！？
- 17.蓓蓓失蹤記：重執醫生執照
- 18.失聲的偶像：為了夢想而忍耐的故事。◎
- 19.網路友情：是一個講述友情的故事。◎
- 20.加油吧古和醫院：黑傑克給同樣無牌的醫生自信，只要有實力且有新造福人群
- 21.山手線的阿哲：包括一位因黑傑克無牌而常想拘捕他的警長以及黑傑克常去的咖啡廳老闆。
- 22.第一陣春風：在；而在這裡則把這個故事賦予了常駐配角之一──黑傑克老師與救命恩人本間醫生的女兒
- 23.蓓蓓長大計畫：蓓蓓想體驗大人的戀愛的故事。◎
- 24.豪雨期間的戀情：黑傑克的桃花第一彈。◎
- 25.那達雷的挑戰：同樣也是手塚對自然生態一貫的概念──回歸自然與平凡。
- 26.霍亂風波：黑傑克以為自己被傳染霍亂而衍生出許多麻煩
- 27.算牌天才：亦是一個勵志故事◎
- 28.尖端科技的悲劇：講一群傲慢的有錢人所做的蠢事
- 29.荒野的傳染病：黑傑克在這樣的情況下要在郊外為自己做手術，驚險萬分！
- 30.生命之花：人的一生若只能關在密室裡，那麼還不如生命短暫，但能盡情綻放的野外的花。
- 31.雷雲中的手術：主旨討論醫德。◎
- 32.二十年後的暗示：本故事帶出許多黑傑克的過去
- 33.藍色大海的恐怖：黑傑克賺那麼多錢原來都拿去買周邊小島以保護自然生態。
- 34.來自空中的侵略者：黑傑克劇集裡有蠻多集提到外星人
- 35.搖晃的手術室：表現因為城市發展而犧牲的小市民
- 36.挾持醫院：在被挾持的狀況下，黑傑克仍堅持幫病人完成手術
- 37.未完成的海岬之家：講述黑傑克那間診所的由來，以及他開業的第一個病人
- 38.海豚與強盜集團：一個動物報恩的故事。
- 39.向未知者挑戰：在第34集中提到的直接幫外星人做手術之劇情
- 40.永不停止的戰爭：表現手塚的反戰思想
- 41.假人與警官：主角是個一個個性死板不討喜的警官
- 42.手術與電影的奇蹟：一個大導演找黑傑克拍手術紀錄片。
- 43.人生的誤診：描繪了一個有財有勢有名，卻沒有醫德的醫生。
- 44.萎縮：主旨是警告人類大自然的反撲。
- 45.蓓蓓誕生：講述蓓蓓到底是怎麼來到黑傑克家裡的
- 46.愛笑的同學：主角是黑傑克一個命運多舛，卻總想著樂觀過活與帶給別人歡笑的同學。
- 47.文化季的保鑣：棄惡從善的故事。幫助別人才能讓別人真正敬畏你。◎
- 48.雪原上的小提琴：視琴重逾生命的提琴家，
- 49.知更鳥與少年：動物報恩故事+1
- 50.人面瘡的真心話：多重人格而引發的生理病變。值得深省
- 51.分裂的兄弟：太多的期待造成太多的壓力，反而賠上了兄弟之感情。
- 52.傳聞中的瞎子醫生：中醫針灸與西醫的對決！
- 53.目擊者：為了破案，讓一個女生獲得短暫的希望又旋即失去，
- 54.鐵櫃的搖籃：原本因感受不到家人的愛而叛逆的大姊頭，卻因一個陌生的小嬰兒而勾引出母愛，轉而從善。
- 55.虛假母子的幸與不幸：主角偽造他人身分，以為能接收他的財產，孰知迎來的是破產消息
- 56.生命的月台：一個不停尋找依靠的女模特兒，最終終於找到靠自己掙來的快樂。
- 57.縫合皮膚的捐贈者：講述黑傑克臉上那塊深顏色的皮膚是怎麼來的
- 58.蓓蓓的考試日記：想上高中的蓓蓓之小品故事。◎
- 59.老人與大樹：本集重點倒跟自然生態保育關係較小，而更多刻畫人與樹的感情。
- 60.黑皇后：講述醫生的心理。另外，這位黑皇后日後也還會再露面喔！
- 61.擁有過去的兩人再度重逢：少女兩度失憶，卻改變了一個男人的一生
- 62.兩個蓓蓓：這次主角是當初黑傑克以之為樣板創造出蓓蓓的小女孩本人！
- 63.誰是兇手：黑傑克被當成殺人兇手
- 64.醫師證照回來的日子：黑傑克再度以高超的技術表現其具有取得醫師執照的資格，
- 65.BJ與父親的重逢：從現在開始到最後的第80集是主線劇情，揭露了黑傑克父親與本間醫生等人過去的故事，
- 66.悲傷的蓓蓓：黑傑克與父親重逢之後便捲入一連串的危機，首先在家裡等他的是一顆炸彈！
- 67.北歐的黑色天使：為了尋找真相，黑傑克四處尋找當初的關鍵人，沒想到寇萊錫醫生竟然成為植物人，
- 68.機械手臂：詔達因醫生什麼都不願透露，而這集與黑皇后再度重逢，
- 69.空中醫院：白拍子醫生與史子醫生再度出場！他們展現擁有高級設備的空中醫院，但卻遇到劫機.
- 70.百億元的生命約定：一向收取昂貴手術費的黑傑克，這次則是為了幫一位救命恩人做手術而不惜花費百億元的全部身家財產
- 71.65年後的清醒：本集另一重要角色──專幫人安樂死的奇利醫生。
- 72.心臟的刻印：本集的主線劇情又有重大進展──本間血腫案例出現！
- 73.紐約的奇蹟：承上集，黑傑克終於發現諾雲計畫的重要關鍵，並且經由主角的口道出了他爸媽認識的經過。
- 74.神秘醫師的宿命：這次找尋的是莊勞捷醫師，但他與詔達因醫師一樣最終死於不死病...本集爆點是奇利醫生原來是...
- 75.極光的彼岸：為了線索四處奔波的黑傑克這次來到極北之地
- 76.蓓蓓，回日本去！：這集也算是主線中的小支線，表現兄弟情。
- 77.恐怖的不死病：一路找了這麼多個醫生，總算找到一個沒死的...本集總算是解開許多謎團！
- 78.BJ父親的真相：本集直搗大本營，揪出幕後主謀全聚德，也解開了黑傑克爸爸當初拋棄他們母子的原因，
- 79.向毀滅挑戰；故事到這還沒結束，黑傑克還要救治最後一個病人──全聚德，於是又來到了白拍子的空中醫院，沒想到因為一點意外使得全機再度陷入莫大危機！
- 80.生命的尊嚴：黑傑克終於找出治療不死病的方法，完結篇囉。◎
- OVA1.流冰，奇馬衣拿病的男人：這集的主角將奇馬衣拿這種不治之症給帶回家鄉，
- OVA2.送葬遊戲：開頭女子們青春美麗的生氣，對應日後因毒品而殞落凋零之境況
- OVA3.瑪利亞的徽章：這集是跟戰爭有關
- OVA4.厭食症：本集描述因寄生蟲而造成的厭食症
- OVA5.聖米列特的夜梟：一種因為皮膚移植而複製了記憶的病
- OVA6.雪夜物語‧戀姬：算是黑傑克故事裡少數描寫愛情的故事
- OVA7.白色的正義：白拍子醫生又出場啦！
- OVA8.綠色的意念：算是〈老人與大樹〉這一集的衍伸版，但主角不再是老人，而是另一個被樹寄生的少女，
- OVA9.人面瘡：〈人面瘡的真心話〉的延伸版，這次不是單純的善／惡人格，而是三重人格，甚至能改變整個人的形體而不只單一個瘡，對於發病之背後緣由也更為深刻
- OVA10.沉溺之女：黑傑克桃花再加一。依舊是工廠廢水帶來的危害
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